A ver vamos por partes...
Frecuencias problemáticas pueden serlo por miles de motivos, porque chocan con otro instrumento de similar rango, porque el sonido que usas tiende a exagerar mas unas frecuencias que otras, etc.
Este problema puede surgir en una pista terminada con todos los instrumentos en ella (cuando estas masterizando por ejemplo) y corregirlo es mas difícil y delicado. Distinto es en el caso de la mezcla en donde tienes cada instrumento por separado, entonces solo tienes que saber diferenciar que instrumento es el problemático y corregirlo. En este caso quieres corregir el bajo, así que solo aplicaras esto al bajo y evaluaras los resultado. Puede que no se arregle, por lo cual el problema estaba mal identificado, puede que se arregle un poco por lo cual hay mas problemas que resolver o puede que arregles por completo el problema y todos felices
Ahora el método que te comento (es un poco rudimentario y tal vez poco profesional pero eficaz) lo puedes realizar de la siguiente manera: una vez que la composición esta terminada y grabaste todos los instrumentos midi que necesitas, debes hacer un bounce o volcado de las pistas midi al proyecto para tener los archivos de audio, primero porque luego borras las pistas midi, los instrumentos virtuales y ahorras recursos; y segundo porque necesitas pistas de audio para realizar la mezcla (ecualizar, comprimir, enviar o instertar efectos, automatizar, etc).
Ya con las pistas de audio en tu proyecto, vas a la del bajo y pinchas en la edición de configuración de canal, seria el lugar donde tienes los insertos, envíos y algo que puedes puedes utilizar fácilmente; un ecualizador parametrico.
Es un ecualizador de 4 bandas, en cada una de ellas vas a encontrar 3 parámetros editables. El primero es la ganancia que quieres darle a la ecualizacion q hagas, el segundo es donde buscas la frecuencia q quieres ecualizar y el tercero es un filtro en donde puedes elegir diferentes tipos de ecualizacion (paso bajo, paso alto, parametrica etc) allí al elegir parametrica puedes ajustar la Q que es el ancho de banda que va a ser afectado al subir o bajar los dB de ecualizacion.
Bueno entendido esto, haces un bucle de la pista y la reproduces. Entonces activa la segunda banda (que por defecto es parametrica aunque es editable) pon una Q muy estrecha, para que afecte lo mas precisamente posible y dale unos cuantos dB de ganancia.
Una vez hecho esto bajas al mínimo la frecuencia, a los 20 o 30 Hz mas o menos, y empiezas a subir lentamente. Vas a notar que en determinadas frecuencias se escucha un sonido horrible, tal vez lo escuches en varias pero en algunas determinadas el sonido se des controla, bueno es en esas frecuencias sobre las que debes trabajar.
Ya identificadas las frecuencias problemáticas solo resta atenuar un poco dichas frecuencias y jugar con en ancho de la Q. Probablemente notes los cambios en seguida, recuerda que puedes hacer un bypass de la ecualizacion para escuchar los cambios.
Espero que ahora te sea mas claro, te adjunto un vídeo en el que muestra de forma básica como se controla este ecualizador en cubase...
Un saludo y mucha suerte!