puede ser que no tengas los localizadores izquierdo y derecho bien puestos
algunas veces estan invertidos o no estan asignados al comienzo el L y al final el R....deja un poco de espacio
solo te pasa al exportar MIDI?
Qué versión de Cubase tienes instalada?
A mi me sucedía con el 1er Cubase,ya me dirás.