Que tal PacoLoco.....
Seria bueno que dieras mas datos sobre todo lo que estas usando, que modelo de MacMini es, que version de Pro Tools es la que estas usando y que tarjeta de sonido le tienes conectada al Mac Mini.
Un amigo mio en su estudio tiene un Mac Mini de los ultimos Core2Duo con la carcasa original, corriendo con Pro Tools HD 9.0.4 de los de pata de palo y con una Digi002 modificada por Black Lion Audio.... tuvo problemas muy parecidos a los que mencionas y era la coneccion Firewire de la Digi... le dio un apreton y no le ha dado mas problemas.
Eso.... prueba cambiando el cable de coneccion, del Mac Mini a la tarjeta....a veces los cables con adaptadores de FW400 a FW800 dan problemas.... en fin, si das mas detalles se te puede ayudar mejor.
Por la experiencia que tengo con Pro Tools, es muy probable que sea temas de coneccion o de algo del OSX.... yo hace poco mezcle un disco con un Notebook hackintosh con procesador Intel CoreSolo a 1.8ghz con 1Gb de ram, Pro Tools 8 M-powered mas una M-audio Fast Track USB y con una sesioncon 32 pistas sonando simultaneas y petada de plug-ins.... no tuve ningun problema.
Saludos MAN!!!