Problemas al trabajar desde disco duro externo

Hola buenas.
Comencé a trabajar con Studio One hace un par de meses y al cambiar de DAW también quise cambiar de método de trabajo.
Ahora tengo todas mis librerías (excepto las de los distintos instrumentos virtuales, por ejemplo kontakt) en un disco duro externo, el cual uso sólo para audio, ordenadas y clasificadas a mi gusto.
Bien, pues tras un tiempo usando este sistema de trabajo, de repente, Studio One me dice que no encuentra los samples que he ido utilizando en las distintas canciones que he ido creando. Ante esto lo que hago es indicarle que busque en aquella carpeta en la que guardo todas las librerías en mi disco duro externo. Repetir esta acción me resulta tedioso después de unas cuantas veces, más aún cuando antes no era necesario pues lo cargaba todo sin más.
Pero lo que es peor es que hay samples que comparten un mismo nombre aunque pertenecen a librerías (y carpetas) diferentes, lo cual StudioOne no distingue y claro, acaba eligiendo el primer sample que coincida con el nombre que busca. ¿El resultado? Un StudioOne muy "creativo", os podeis imaginar...

Quisiera saber ai alguien ha pasado por lo mismo y ha podido solventarlo de alguna manera.

Un saludo.