Buenas Ruben,
Intentaré explicar un poco cómo lo haría yo en Logic, a ver si te sirve para aislar el problema.
Lo primero es organizar un poco el proyecto para poder utilizar una de las 2 salidas mono como envío al joemeek. Para ello, utilizaremos la salida 1 (L) como bus de mezcla (en mono, por supuesto), y la salida 2 (R) como envío al joemeek. El problema de esta configuración es que, al tener únicamente 2 salidas en la motu, y al necesitar 1 salida exclusivamente para enviar la señal al joemeek, sólo nos queda 1 salida para los monitores. Con lo cual, tendrás que trabajar en mono. En este punto es bueno tener claros los conceptos mono y estéreo, ya que al mezclar en mono utilizando únicamente el output 1(L) es probable, según la configuración de tu estudio, que sólo oigas la mezcla por el altavoz izquierdo. Si tienes algún mini-mezclador externo (o algún aparatito similar) puedes utilizarlo para enviar la señal mono de la mezcla a los dos altavoces simultáneamente, pero si no es así, tendrás que utilizar sólo un altavoz para escuchar la mezcla. Hasta aquí, como ves, no entramos en logic; cualquier software requiere de esta planificación previa del "setup".
Bueno, sobra decir que lo "ideal" para lo que nos ocupa sería tener una interfaz con más de 2 salidas, pero teniendo claras estas limitaciones, trabajar en mono es el principal problema que tendrás que aceptar.
En Logic:
(aunque en cualquier otro software será muy parecido; tampoco entraré en cosas del manual)
1-Para configurar una mezcla mono en el ouput 1 (L) de la motu: Seleccionas todos los canales del mezclador, y cambias su salida a "Salida mono"/"Output 1" (o algo así, según tu tarjeta). Lo esencial es que no vayan a la salida estéreo sino a la salida mono que corresponde al canal 1 (L) de tu interfaz. En este punto comprobarás que toda la mezcla suena únicamente por 1 de los dos canales de salida de la motu (que corresponderá al altavoz izquierdo, si no dispones de un mezclador externo), y el panorama de los canales individuales no tiene ningún efecto ya que estarás mezclando en mono.
2-Hecho esto, ya tienes la salida 2 (R) libre para conectarla a la entrada del joemeek. Eliges el canal que quieras procesar con el joemeek, y pones su salida al Output 2 (R) de tu interfaz (también mono, claro). En este momento el canal elegido dejará de sonar por la salida 1, con lo que dejará de oírse por el altavoz. Ahora este canal (pongamos que es el bajo, por ejemplo) no suena, pero la señal del bajo entra al joemeek y los medidores del joemeek deberían confirmar que está llegando señal, ya que la salida 2 de la motu está conectada a la entrada del joemeek.
3-Una vez confirmado que el joemeek recibe la señal del output 2(R) de la motu, nos preocuparemos de que la salida del joemeek (con el bajo procesado) vuelva a entrar en logic por una de las entradas de la motu. Como ya tienes cableada la salida del joemeek a una entrada de la motu (por ejemplo, el input 1), creas una nueva pista en logic y configuras la entrada de dicha pista al input 1 (o al input donde tengas conectado el output del joemeek). A esta pista la podemos llamar pista de "retorno", ya que es la misma señal que hemos enviado previamente al joemeek desde logic, y ahora retorna a logic después de pasar por el joemeek. El output de dicha pista debe estar en "Output 1(L)". Nunca debes enviar esta pista "de retorno" al output 2 (R), ya que volvería a entrar al joemeek provocando una realimentación.
4-Entonces, para que esta pista suene: La salida de esta nueva pista, por la que sonará la señal ya procesada por el joemeek, la pones en "output 1(L)" para que suene con el resto de la mezcla por el/los altavoz/es. En logic, para que esta pista suene, deberás monitorizar la entrada: eso es tener activado el botón 'R' (grabación) en dicho canal, igual que lo harías cuando quieres grabar una pista de audio y quieres que suene mientras grabas o le das al play. En este punto es conveniente conocer los conceptos de "monitorización de entrada automática" y "monitorización por software" que puedes consultar en el manual; aun así, por defecto ya debería funcionar activando el boton 'R' de la pista. (Si pulsando el botón 'R' sigue sin sonar, pulsa el botón 'I' que está al lado y activarás el "input monitoring" o "monitorización de entrada").
Bueno, como ves, los únicos conceptos de logic que manejamos son la entrada y la salida de las pistas de audio, y la monitorización de entrada. Todo lo demás es "fuera" de logic y corresponde a conceptos de routing en general, para los cuales hay que comprender el camino que sigue la señal de audio y los conceptos mono/estéreo.
Ah... y un último punto (me olvidaba):
5-Para volver a mezclar en estéreo: ... la limitación de mezclar en mono desaparecerá en cuanto grabes la salida de audio del joemeek en la pista de retorno. Cuando estés satisfecho con los ajustes del canal del joemeek, grabas la pista de retorno igual que si grabaras una pista de audio cualquiera. A partir de este momento ya no podrás hacer más ajustes al joemeek, pero a cambio tendrás de nuevo el joemeek "libre" para procesar otro canal (repitiendo el mismo proceso), o para finalizar la mezcla ya de nuevo en estéreo con las dos salidas L-R de la motu. Desconectas el joemeek y vuelves a conectar los 2 altavoces en estéreo, seleccionas todos los canales de nuevo en logic, y cambias su salida al "output estéreo 1-2". Fíjate que ahora, si has procesado el bajo, tendrás 2 pistas de bajo: una, el bajo original que puedes mutear o borrar; y otra, el bajo procesado con el joemeek que acabas de grabar.
Bueno, a ver si siguiendo estos pasos se va aclarando el asunto, porque esto de que no te suene la salida del joemeek no deja de ser extraño si más o menos tienes claro el camino que sigue la señal. El secreto, pienso yo, es tener claro lo de la mezcla en mono, utilizando únicamente una salida de la interfaz para escuchar la mezcla, y la otra para enviar una señal (bajo, voz, o lo que sea) al joemeek.
Espero no haberme liado demasiado en las explicaciones (aunque sé que me he extendido más de lo necesario)... pero también entiendo que el problema está en tener claros los conceptos básicos del audio, y para eso más o menos te podemos ayudarte, pero requiere también de un aprendizaje por tu parte.
Ya nos comentas cómo te va.
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... un día tendrás que explicarme algunas cosas, que ya estoy un poco cansado de tanto logic y cubase 
... y reaper, por lo que me ha parecido simplifica muchas tareas, y el concepto me gusta. Es algo que tengo pendiente 
