En el apartado de Preferencias puedes definir cómo quieres que te exporte los ficheros midi (múltiples pistas, etc.). Mira ahí y elige lo que necesites.
Solucionado, resulta que en las opciones para exportar midi habia que desactivar Export as type 0, supongo que el formato midi tipo 0 es solo las secuencias sin cambio de programa, por eso solo sonaba el piano. gracias por la ayuda de sahul!!!