Me respondo yo mismo, despues de haberme pasado una tarde y una madrugada buscando el problema resulta que eran los Plugins de AMPLITUBE.
Parece ser que cuando clone el disco rigido de uno a otro los registros de windows que contenian las licencias de AMPLITUBE (FENDER Y AMPEG) se rompieron y tenian simbolos raros. Volvi a cargar las licencias y ahi no tuve mas problemas.
El ruido ese me di cuenta que es generado por el propio plugin a modo de "molestar" al usuario que no ha adquirido la respectiva licencia. Esto me parece malisimo por parte de la gente de AMPLITUBE. Ademas de que el plugin no funcione(cosa que me parece logica hasta ese punto), encima te meten ruido en el secuenciador. La verdad es que para llegar a darme cuenta que era lo que tiraba el ruido estuve horas!
Me parece que con este metodo contra la pirateria se equivocaron mal.