Buenas! Te comento a ver si te sirve de algo: Yo trabajo con una BCD-2000, que por lo que he leido no debe ser muy diferente a la 3000 (menos por el software que traen). El tema de la preescucha con traktor funciona con los botones de entrada analógica (analog input "a" y "b"), cada tecla pertenece a un deck.
Luego el tema de los saltos al sincronizar... ahi la verdad es que no sabría responderte, sólo decirte que a mi al principio también me ocurría, y deje de utilizarla lo que me ha hecho un gran favor para aprender a mezclar con el oido, te aconsejo que hagas lo mismo...
Y el software, yo utilizo la versión 3.3 del Traktor que vendría a ser como la LE que te viene con la BCD, pero completa, con efectos y demás. El problema es que no tiene control nativo con la BCD, aunke si kieres te puedo decir como configurarla (creo que por aki hay algún post que lo explica).
Espero haberte sido de ayuda, un saludo!