la diferencia que hay, es que al suar el preamplificador yamaha estas usando los conversores A/D en este aparato, y se por la entrada digital de tu tarjeta directamente a tu secuenciador.
si conectas lo que sea por el analogico, usara los conversores A/D de la tarjeta.
el unico problema que puede surgir seria, en el caso de los ADATs de 16bit por ejemplo, las salidas digitales son de 16bit, aunque las conectes a una tarjeta de 24 bits. pero no es el caso si el preamplificador yamaha es 24bit.
entonces deberas de usar yo creo el aprato que mejores conversores A/D tiene, mirando las especificaciones.
Si este preamplificador, que no conozco, es un procesador tambien, te refiers a que es un procesador digital o te refieres a que es un channel strip *con compresor, eq o lo que sea,..) ?
si es un procesador analogico con salidas digitales, no ocurre un a/d d/a al usar las salidas analogicas del preamplificador. simplemente ocurre un a/d al escojer las salidas digitales.