Salvar mapeo en Battery 3

Hola compañeros, os cuento mi problema a ver si me podeis echar un cable. Por cosas de la vida tuve que volver a pc, y de logic a cubase 5.
El caso es que mapeo las celdas en battery 3 para que me coincidan con los pads que quiero en el mpd con la opcion learn, pero al cerrar el proyecto y volverlo a abrir hay que volver a configurarlo. En teoría esto no debería de suceder, y es muy engorroso, ni si quiera guardando el proyecto como una plantilla se quedan grabados, ¿alguien tiene alguna idea de por qué ocurre esto?
Gracias de antemano, un saludo!!

Jordito gracias por contestar. La verdad, se que se puede hacer pero no sé como xD. Además necesito que se quede salvado en el propio cubase porque a veces no puedo usar el akai y tengo que hacer cosillas con el teclado virtual..

¿Puede tener algo que ver que cubase se ejecute o no como administrador?

Salu2!