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Entras en el Bin ( Teclado B ) seguidamente seleccionas un archivo que tengas dentro y clicka ( shift+u ) esto te seleccionara las pistas que no están en uso del bin, cuando las tengas seleccionadas las borras. Seguidamente te vas a Archivo/Proyecto/Limpiar.
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Yo cuando tengo samples (wav-aif) que ya no utilizo y los quiero eliminar del proyecto hago lo siguiente, no se si sera lo mismo explicado por Alanml pero por otro camino (utilizo logic studio 9):
Me voy al icono MULTIMEDIA, luego a la pestaña BANDEJA, en dicha pestaña escojo el menu EDITAR luego doy click a SELECCIONAR NO UTILIZADOS, y veras como se ponen con una sombra grisácea, vuelves a dar al menu EDITAR y luego a ELIMINAR y adiós a los archivos que ya no utilizamos en el proyecto.
Espero haber ayudado en algo, un saludo.