Lo primero que tienes que ver es la legislación sobre esa actividad que tiene tu ayuntamiento, los permisos y demás son cosas que las rigen a nivel municipal. La parte de legalización ante haciendo y tu ayuntamiento son distintas, hacienda solo pide dinero, el ayuntamiento tambien, pero te exige unos requisitos fisicos del negocio, aveces un tanto subrealistas, y si no las cumples y saben que estas, se pasan cada x tiempo con la multa hecha, no te cierran nunca, pero te van sangrando con su "impuesto revolucionario"
Mi caso, bueno, tengo un estudio en medio de la huerta (legal ante hacienda pero sin "papeles" para el ayuntamiento, no saben que existo la sección de "urbanismo") y dos naves industriales con locales ("medio legales, ya que no existe legislación concreta sobre locales de ensayo y la generica, como que no").
Ten en cuenta que hacerlo con papeles te costara mucho dinero, nada mas que en proyectos(despues los permisos), si tienes que hacer obras necesitas el proyecto de obra, si simplemente necesitas mover un taquibe, un proyecto de reforma (aparte del de obra menor, que lo incluye el de reforma), el proyecto de apertura (salidas de emergencia, estintores, aperturas anti-panico, etc,,) y el proyecto electrico.
En una nave hicimos obra, en otra no, buscando mucho y por medio de amigos, cada proyecto completo nos ha costado un poco menos de 6.000€, pero hemos tenido que gastar mucho en otras cosas, además de paso a minusvalidos (si estas en planta alta necesitas ascenror), normativas contra incendios, etc.... osease, un follón.
Tenemos una S.L., y por ahi es por donde entra el estudio, el cual hice yo completamente (techos, paredes, tabiques, insonorización, puertas, etc), le facturo al ayunt. o a la comunidad autonoma, pero este no tiene permiso de apertura ni lo tengo "abierto al publico", es mas bien como un almacen de uso privado.
Espero que te sirva de algo, y ten en cuenta que una cosa es urbanismo (papeles de apertura, licencia de obras) y otra cosa hacienda (facturación, cif, irpf, etc)