Se trata de elegir el sinte como salida MIDI en cada pista que quieres que lo use. Vamos, lo mismo que con los VSTi.
El problema, creo, está en el sinte [emulado]
Cubase tiene por defecto todos los puertos MIDI existentes en tu PC como emulados y eso causa este tipo de problemas.
Si tuviese Cubase delante, ya habría explicado como hacer para que aparezcan los puertos reales, e incluso como deshabilitar los emulados para que no aparezcan. Es sencillo, se trata de sacar un archivo de una carpeta, pegarlo en la principal de Cubase, y habilitar/deshabilitar puertos en el panel de dispositivos de Cubase.
Mañana por la noche al volver a casa podré explicarlo, pero seguro que hay alguien que pueda hacerlo mientras tanto. Ya digo que es muy sencillo y muy común.
Así, de memoria, creo que la carpeta y el archivo a mover, se llama Enable MIDI ports o algo así. Se trata simplemente de sacarlo de esa carpeta y pegarlo en la carpeta Cubase SX x.xx