Existe alguna diferencia perceptible o alguna razón de procedimiento para exportar a 48 khz en lugar de 44 khz?

Si la mezcla va a parar a un cd de audio, exporta a 44.1KHz, si es para un DVD, a 48KHz.

Exactamente.

La diferencia es que convertir de 48 a 44.1 supone tal pérdida de calidad, que mejor es hacerlo a 44,1 cuando se trata de audio y 48 cuando se trata de video.

Y aún más, hazlo mejor a 88,2 o a 96. (para audio o video respectivamente). El técnico de masterización, tus fans, y tus clientes, lo agradecerán.

bueno me faltó aclarar que luego de exportar en FL hago los retoques finales en Adobe Audition.... En ese caso igual debo exportar del FL a 44khz? o a 48khz para convertir a 44 al final de la edición?

(Repetición /On) Si la mezcla va a parar a un cd de audio, exporta a 44.1KHz, si es para un DVD, a 48KHz. (Repetición /Off)

No cambies la frecuencia de muestreo inutilmente, perderás calidad en cara cambio. Antes de empezar el proyecto ya sabes si estás editando audio para un cd de música (44'1Khz) o una banda sonora de un DVD (48KHz). Respeta esa misma frecuencia en todo el proceso.

Otra cosa es que quieras trabajar a frecuencias más altas, con lo cual, la respuesta correcta sería la que te ha dado Vai777, 88'2KHz para audio y 96KHz para video y al final del proceso lo remuestreas a 44'1KHz o 48KHz respectivamente.

Un saludo,

Pep