Ayuda con archivo mts

Hola a tod@s, tengo 3 archivos de video (mts) descargados de internet y lo que quiero hacer es unirlos con mkvtoolnix para luego pasarlo a una unidad de disco duro externa y finalmente poder reproducirla en mi led. El problema es que la introducción del video está grabada en 48khz, 16 bits y las otras dos partes están en 96khz, 24 bits y al tratar de unirlas con mkvtoolnix, me dá error por estar en diferentes tasas de muestreo. Habrá alguien que pueda darme una ayuda con esto, pues traté de convertirlo con audacity, pero no hubo resultado.
La idea es que los 3 archivos tengan las mismas características.... saludos