Ya me ha pasado varias veces lo mismo:
grabo una pista de audio, la pongo en modo flextime, me la "cuantiza" perfectamente, haciendo los necesarios pequeños ajustes, y... hacia el final de la canción, deja de ir bien, o deja de poner flex markers, o los pone aparenramente bien pero suenan mal, como entrecortandose la señal.
¿Es un bug o estoy haciendo algo mal?
Saludos