Si no necesitas que suenen los dos patches a la vez puedes hacer un trapicheo para ratear CPU, puedes hacer un cambio de programa con el MIDI CC correspondiente o automatizandolo en el cubase.
Hasta ahí nada nuevo, pero hay otro trapicheo para que cada patch que uses tenga sus propios efectos. Es crearte tantas pistas de grupo como salidas necesites, y con los Send dirigirlos a cada pista de grupo que te has creado, en el momento que haces el cambio de programa, debes automatizar también el encender el power de un Send y apagar el que se está usando.
En esta captura queda muy claro.
http://img413.imageshack.us/img413/7883/rateoib5.jpg
Si no recuerdo mal, esto en samplitude se puede hacer de una manera más sencilla, pero que conste, que con Cubase, si tienes imaginación puedes hacer virguerias.
Lo que sería rizar el rizo, pero también se puede hacer, es bajar a tope el volumen del primer grupo y poner el send del primer al segundo grupo, para usar todos los efectos que cargues, aunque no le veo una utilidad tan directa.
Saludos.