bueno, a mí me pasa algo parecido con la mbox. Cuando llevo un rato grabando me petardea mogollón y al cambiar los samples se mejora, pero al rato sucede de nuevo. No uso el itunes ni nada de eso a traves de la mbox (de hecho me parece que no se puede)
A mi me pasa con la EMU 1616m, Cubase y todo lo que huele a VST. Lo he probado con sonar y Cool edit y apenas pasa.
Mira a ver si esta bien configurado el CoreAudio o si hay dos programas utilizando a la vez la digi, como puede ser el MSN. Prueba también a preguntarlo en el foro de ProTools.
Saludos.