Buenas.
Si no me equivoco, tienes que crear una pista en cubase. Luego seleccionala y a la izquierda te saldran las propiedades de la pista.
Selecciona como entrada tu linea 3 y arma la pista (boton rec).
Si no te funciona, cuentamelo un poco mas detallado y lo miramos.
Saludos.
Ve al menú Dispositivo/VST Conexiones y en la ventana que te aparece elige Entradas. Por lo que comentas sólo tienes un bus entrada estéreo habilitado en Cubase que es el que te aparecerá. A la derecha del nombre del bus te aparece el puerto de entrada de tu tarjeta de sonido al que corresponde (si tienes drivers ASIO te aparecerá como Puerto de Dispositivo ASIO). Cliquea en el nombre del puerto y te saldrá un desplegable con todas los puertos de entrada de tu tarjeta habilitados en Cubase. Selecciona la línea 3 que es a través de la cual quieres grabar y ya te aparecerá en la lista de entradas en las propiedades de la pista de audio.
Si en el desplegable no te apareciera puede ser que no tengas habilitado ese puerto de entrada de tu tarjeta de sonido en Cubase. Si quieres habilitar la entrada de línea 3, ve al menú Dispositivos/Configuración de Dispositivos, elige VST Multitrack, cliquea en Panel de Control y podrás ver los puertos de entrada y salida activos e inactivos que tienes. Haz click abajo en Advanced Options y te aparecera otra ventana donde puedes habilitar el puerto de entrada que deseas simplemente marcándolo. Pulsa ok, deja que Cubase testee todo y ya te debería aparecer en la lista de entradas aquella por la que quieres grabar.
Espero que sirva, un saludo