Missing plugins

existe alguna forma de reemplazar los plugins que no se encuentran al hacer por ejemplo una instalación del plugin en una nueva versión.. o simplemente al cambiar de ubicación los plugins... o al cambiar de pc

Es probable, pero yo no sé.
Lo que yo hago para asegurarme de no perder los 'settings' es guardarlos dentro del proyecto. Así, si me topo con ese problema, simplemente vuelvo a insertar una instancia del (o los) plugins que faltan y cargo los settings que quedaron guardados en la carpeta del proyecto. Eso, siempre y cuando el plugin sea capaz de leer los settings, ya que a veces versiones nuevas de los plugins no leen los settings de versiones anteriores. Si es la misma versión no debería haber ningún problema.