Problema con Focusrite Scarlett 2i2

Hola gente.
Tengo esta interface desde hace 1 mes y todo bien, menos una duda...
La uso con Mac. Esta tarjeta tiene 2 entradas para micrófono o instrumento. La entrada 1 va todo perfecto, tanto con micro como con la guitarra, la cual manejo con amplitube.
El problema es con la entrada 2. conecto en ella mi eléctrica, habro el amplitube, pero solo suena en linea, no con efectos o amplia...y ya no se que hacer, también me falle con el micro...
Me he leido la guía que se descarga en la pagina, pero no le encuentro solución. Ya no se si es que esta mal o soy yo que no se hacerlo.
¿alguna solución?
Un saludo

Tienes que seleccionar el canal donde tengas enchufada la guitarra, te trae el primero por defecto pero si conectas la guitarra en el segundo tienes que seleccionarle para que puedas escuchar los efectos, un saludo.