Baja la Q del filtro y verifica si varia ese valor. Verifica si el filtro tiene algún control de ganancia independiente y hay mezcla entre señal Dry y Wet.
Según tengo entendido (que alguien me corrija si me equivoco), el modo en que los EQ filtran la señal es cambiando la fase de la onda. El problema, por llamarlo de algún modo, es que no es un cambio inmediato sino gradual, por lo que además de la cancelación de fase, que es lo que busca el EQ al aplicar el filtro, se producen también sumas en algunas frecuencias. Cuanto más bajo es el valor de Q, mayor es esa suma. Si usas un EQ que te permite ver la fase, queda muy claro lo que explico (por ejemplo ReaEQ)
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Trabajas con algún ecualizador en especial o pasa con cualquiera que ocupes?
Me ocurre tanto con el Parametric EQ del Fruity Loops como con el Fabfilter Q, no entiendo porqué me ocurre, he probado con otros bombos y no pasa lo mismo, pero en ese en concreto que uso sí... el corte lo hago tanto con un filtro de paso alto y otro de paso bajo con -48dB/oct en los cortes.
Pero probaste lo de la Q? es por lo que explica Tricky, varia el valor de la Q subelo y bajalo a ver si tienes variación en el nivel de salida.