alejandro escribió:
1- Si hablo de acordes funcionales es claro que en la melodia podria usar las notas de dichos acordes de cada una de las escalas.
Sí, pero no solo esas, puedes usar notas ajenas al acorde también. Hay muchísimas melodía ejemplos de eso. O melodía que incluyen como nota melódica una 11 o 13 o una alteración de ellas.
alejandro escribió:
2- Se que puedo usar la escala mayor y su relativa menor pero, cuales otras puedo usar y si necesariamente debe haber relacion entre ellas???
uf, eso sería mucho más largo y complicado de explicar... Básicamente aunque una pieza esté en una tonalidad, cada tonalidad comprende muchos acordes diferentes (7 básicos como mínimo).
Por ponerte un ejemplo, si tocas la escala de do mayor sobre el 7º grado (Bmb5), te darás cuenta de que no encaja tan bien como sobre el I o el IV, por ejemplo. Dependiendo del acorde y de las (posibles) alteraciones que tenga, pues tendrás que elegir un conjunto de notas determinado (es decir, a veces otra escala).
Cada escala difernete sobre un acorde particular tiene un "sabor diferente", que es lo que llamamos modos, y también se utilizan mucho para improvisar sobre una progresión de acordes (además de otras escalas). Hay muchos libros sobre armonía más o menos avanzados recomendados por aquí por Hispa, si no tienes demasiados conocimientos te recomiendo que vayas leyendo y aprendiendo poco a poco algunos de los conceptos. En un solo post es imposible explicar conceptos de improvisación, armonía, etc

Hay tratados de 4 volúmenes para eso!
Lo mejor en este caso es tocar mucho, experimentar mucho, y estudiar al menos un poco