Para eso el controlador debe transmitir en 2 canales midi, sino no hay forma posible a nivel hardware, salvo que programes el host que al recibir datos de un determinado controlador, lo envie al otro canal !!
No tengo ninguno de esos dos sintes, pero ambos responden a mensajes de control MIDI en todos (o casi todos) sus parámetros. En la carpeta de esos sintes debería aparecer la lista de MIDI CC's soportados y no tendrás más que programar cada potenciómetro de tu controlador para que envíe ese CC por el canal MIDI adecuado.
Lo que pasa es que el Pro53 que "circula" por ahí, es una demo crackeada y la demo de ese sinte no acepta MIDI CC's, por lo tanto el Pro53 con parche en el ojo tampoco los aceptará y resultará imposible controlarlo y automatizarlo sin una función Learn del programa anfitrión.
Del V-Station no puedo hablarte más porque no hay demo y no lo he probado.