A mi me gusta mas la segunda, pero...el tema yo creo es que el bajo no tiene su espacio en los medios, solo oigo graves, pero no medios. Aparte tampoco tiene un ataque definido, quiza por eso lo oyes como "bola".
Quiza probaria a bajar la distorsion del emulador, solo por limpiar un poco mas.
Lo de cortar graves...las guitarras donde tienen que pegar es en los medios, no en los graves.
Si te pones cualquier disco, y lo analizas, las guitarras van desde los 100Hz hasta los 12K mas o menos, y de por si, para evitar los "BUBUBU" de graves, se suele recortar en los 200Hz mas o menos.
Analiza y mezcla para el contexto, yo como guitarrista muchas veces pelee para que la guitarra sonase brutal sola, luego la metias en una mezcla y pisaba todo lo demas.
Ademas ten en cuenta que una guitarra grabada con un por ejemplo, sm57, tiene muy poco contenido por debajo de los 150Hz, de ese modo deja espacio para el bombo y el bajo
Una cosa que te puede ayudar, viene del foro de Andy Sneap, duplica el audio del bajo, y insertale un sansamp, o una distorsion suave, cortandole por debajo de los 300Hz, y metiendole a la toma "limpia" un pasabajo de 300 para arriba.
De ese modo controlas el "peso" del bajo, pero tambien el ataque y definicion en dos pistas independientes.
Espero que te sirva de ayuda