Hola. Pues estaría bien poder escuchar un pequeño fragmento de ambas cosas, de algo de punteo y ritmos, si puede ser en el mismo archivo pues mejor.
En teoría el efecto flanger "tal cual" se consigue modulando un pequeño retardo de la señal original y juntando ambas, original y modulada. Así que sin más datos, yo me aventuraría a decir que se te está colando algo en la grabación, algo que haga que aparezca el efecto... Eso puede pasar por varios motivos, que estés grabando con varios micros a distintas distancias, que estés grabando dos señales que juntas provocan el efecto o que estés grabando una única señal pero que esté recibiendo inputs desde dos puntos distintos, que se te esté colando algo de feedback por la configuración del driver de la tarjeta desde el DAW o incluso que haya alguna opción rara activada en el DAW, etc...
Lo suyo sería que nos pudieras explicar exactamente como grabas (la cadena desde que la señal sale de la guitarra hasta que llega al ordenador, pedales, ajustes del ampli, micros, previos, etc...) y con qué programa (Cubase, Pro-tools, etc...) para ver de dónde puede venir el problema. Te pasa sólo con la grabación de la guitarra o también con voces? Si tocas la guitarra en limpio (sin distorsión) también te genera el efecto "flanger"?
Ahora que pienso, ya sé que es una chorrada, pero supongo que la guitarra está bien afinada, no? Comprueba bien la afinación, ya que si está algo desafinada puede pasar que suenen raras las quintas produciendo un efecto de modulación raro, cosa que explicaría por qué los solos suenan bien. Una forma sencilla de ver si el problema es este, puede ser la de tocar una quinta y estirar una de los cuerdas mientras siguen sonando. Si estirando una de las dos notas mejora el resultado significa que una de las dos notas está sonando desafinada, produciendo ese efecto. Es un buen método para comprobar si una guitarra está afinada y quintada, tocar quintas por todas partes... Con distorsión se nota mucho si alguna cuerda está desafinada, mientras que en limpio el efecto es más sutil.
Bueno, estaré a la espera de más datos!