FL abre todo al abrir un proyecto.

hay alguna manera de evitar que abra todos los canales, vst, pistas etc al abrir un proyecto de FL ?

Sí, cierra todo lo que no quieres que abra y guarda el proyecto. La próxima vez que lo abras solo arrancará con lo que dejaste abierto al guardar.
A mi me funciona así.

Alt+f12 cierra todo