Lo que necesitaría saber es qué tipo de música es y qué papel juega la guitarra en el tema concreto que se quiere grabar, si es un papel protagonista o simplemente un elemento de acompañamiento que va a quedar más en segundo plano con más intrumentos como batería, bajo, algún otro instrumento armónico como un piano, etc. .
Por ejemplo, en un tema normal en el que va a haber batería, bajo, la guitarra acústica y la voz usaría dos tomas de guitarra abiertas en estéreo. Si hubiese otro instrumento armónico como un piano, pondría la guitarra a un lado y el piano al otro. Para crear las dos tomas de guitarra, lo primordial es centrarse en la posición del micro y recoger el mejor sonido posible por ahí. Si va a jugar un papel de acompañamiento puedes separar un poco más el micro para que quede con algo más de ambiente o "aire" y no tan en primer plano (si la sala no suena muy mal, si la sala suena mal, micro entonces micro cercano precisamente para evitar recoger ese ambiente). Si al final sólo tengo un micro cercano, lo pondría por debajo del puente, donde acaba la maderita del puente por la parte aguda aprox. para recoger un sonido meloso pero con todos los armónicos (como decía Pepe Loeches). Esto como punto de partida. Si la toma no te convence, puedes taparte una oreja, poner la palma de tu mano detrás de la otra oreja y moverte alrededor de la guitarra mientras él toca hasta que encuentres un buen punto y colocar el micro justo ahí.
En la toma de línea, habrá que ver que tal hace su trabajo el previo de la propia guitarra. Ante la duda, usaría ecualización plana y si viera que me da un sonido demasiado gordo me centraría en el detalle de los agudos. El cuerpo y la naturalidad la sacarás del micro, no de aquí. Aquí necesitarías sacar los detallitos y la inmediatez en la ejecución.
A modo de prueba, puedes hacerle tocar uno o varios rasgueos con las cuerdas apagadas para recoger "el golpe" de la púa y evaluar la fase entre ambas pistas (línea y micro). Si lo ves claro, puedes alinear las pistas e introducir ya ese retardo en la pista que lo necesite para grabarlo directamente así y evitar tener que hacerlo más tarde (eso no quita que lo volvamos a comprobar a la hora de empezar la mezcla). Ademos podemos aprovechar para grabar un trozo de la canción y ver qué tal suena la suma de ambas pistas, qué le falta o que le sobra a cada una, sobretodo valorando la toma del micro por si es necesario moverlo un poco.
Pues ya tenemos el micro colocado, la salida de línea como queremos (por favor, aseguráos de que la pila del previo de la guitarra es nueva o que por lo menos no va a hacer el tonto). Así que seleccionamos las dos pistas, las ponemos en modo de grabación y le damos al REC.

Ya tenemos una toma, ahora volvemos a repetir el proceso, en dos pistas nuevas y le volvemos a dar al REC. Ya tenemos cuatro pistas, 2+2.
Ahora podemos jugar a mezclar las pistas de linea y micro, cada una con su pareja. Para ello ponemos en modo solo las pistas de la primera toma y las dejamos sonando en el centro del panorama, es decir, en mono. Invertimos la fase a una de las pistas (la de línea por ejemplo) y jugamos con el fader hasta que se anulen lo máximo posible, que la suma suene lo más baja posible. Devolvemos la fase al valor normal y ahí tenemos el punto en el que ambas pistas suman lo máximo. Y ahora nos preguntamos, ¿cómo suena la suma? Podremos filtrar los graves de ambas pistas con un ecualizador y corregir o añadir aquello que deseemos en cada pista. Cuando acabemos con un buen sonido, podemos copiarlo todo tal cual a las pistas de la segunda toma, crear una pista de grupo estéreo y mandar las cuatro pistas a ese grupo, las dos primeras paneadas totalmente a la izquierda y las dos segundas totalmente a la derecha. Si la guitarra suena muy seca podemos agregar un par de reverbs, la primera para darle más ambiente y la segunda con algo más de cola y meclar al gusto. Si suenan demasiado abiertas o bien vemos que se cancelan demasiado en el medidor de correlación, podemos estrechar un poco los paneos directamente en la pista de grupo. Si suenan demasiado cerradas (que sería raro), podemos usar un expansor estéreo). Como punto de partida si no tenemos mucha experiencia podemos acabar con algo que ronde entre el 0 y el +0.5 del medidor de correlación. Ahora tocaría valorar el volumen y aplicar un compresor. Si suena bien y no hay alteraciones de volumen que produzcan sensaciones indeseadas, no será necesario. Si aplicamos el compresor, podemos centrarnos en las partes más flojas para que justo ahí "bese" al compresor (que comprima sólo 1dB o 2) y las compararemos con las partes más fuertes para ajustar ratio y threshold. Para determinar los tiempos de ataque y release valoraremos si queremos que la guitarra tenga un carácter percusivo (si son rasgueos o son notas que van a tiempo, ataque más lento) o bien si no es necesario. En el release veremos como de "densa" queremos que suene al mismo tiempo que valoramos que no suba demasiado la sala si no suena muy bien y cosas así.
Bueno, ahora ya tienes un par de guitarras acústicas abiertas en el panorama, sonando bien y con un volumen adecuado, que quedan perfectas para el tipo de música que se está haciendo. ¿Queremos añadirle efectos? Pues podemos ir probando en la pista de grupo por la que suenan las guitarras con lo que queramos, chorus, lo que sea.
Todo esto sería un posible planteamiento, pero depende bastante de cada tema concreto y del café que hayas tomado ese día.

No lo tomes todo al pie de la letra. Hay muchas maneras de abordar la grabación de unas guitarras. En un estudio bien equipado, se pondrían sólo varios micrófonos, se ajustarían previos, EQ y compresores mientras el guitarrista toca una prueba y ya se empezaría a grabar un par de tomas o incluso más. En mi habitación, se pondría un micro a ojo mientras escucho por los auriculares el micro, y ya estaríamos grabando un par de tomas, crearía el grupo estéreo, EQ para filtrar los graves y a tirar. El guitarrista que viene a grabar no necesita imperativamente llevarse a casa un mp3 para escuchar lo que acaba de grabar, no tienes por qué acabar la mezcla allí mismo, faltaría más. Pero sí que es importante que pueda escuchar un buen resultado de lo que ha hecho y que se marche satisfecho con su aportación y con ganas de repetir la experiencia.
Bueno, espero que te ayude en algo.