Reparas los permisos del disco alguna vez? como de lleno tienes el disco duro?
Las versiones "buenas" no dan ningún tipo de problemas (al menos hace unos años, me quedé en la 3 del FS2).
Bajate la version de OnyX que haya para tu S.O. y hazle un mantenimiento completo...si sigue la lentitud algo tendria que ver tracktor y la Torq en el asunto.
Y lo del disco duro evita que te quede menos del 10% libre ,si no quieres problemas.