Es importante saber escojer bien las fuentes de sonido para usarlas como carrier. Usualmente, son sonidos con mucho sustain (de media o larga duración) y que ocupan una gran parte del espectro. Un ejemplo de esto, es la señal diente de sierra. Es de larga duración (concretamente, es periódica, así que tendrá la duración que queramos) y ocupa mucha banda (todos los armónicos decayendo a razón 1/n):

No es una obsesion mia esto del diente de sierra; es la típica señal usada para generar mediante vocoder la pintoresca voz robótica.
Creo que tu problema ha sido haber escogido un piano como fuente de sonido para el carrier. Éste es un sonido más bien percusivo y de corta duración, por eso debes escuchar este "empalme raro".
Que sonido quieres conseguir? quizás el vocoder no sea la mejor herramienta para lo que necesitas...
Si quieres seguir experimentando, sytrus dispone de un banco de presets llamado precisamente "Vocoder Carriers". Son sonidos diseñados expresamente para usar en vocodex, entre los cuales, se encuentra el preset Saw, el diente de sierra que te comentaba. Prueba con alguno de esos a ver que tal.