Quizas no estas colocando los localizadores de manera correcta creo que eso me pasaba a mi en la version 1 de SX.
Por si no lo sabes los localizadores son dos marcas de otro color que estan en la regla de tiempo que tienes en la cabezera del proyecto y son los que le dicen a cubase desde donde hasta donde reproduce un loop o en este caso la seccion que quieres exportar a mp3,aif,wav.
acuerdate a la izquierda presionar ctrl y raton.
a la derecha con alt y lo mismo.