No sé si te solucionará algo lo que te voy a indicar, pero al menos sabremos como tienes configurado el Cubase y quizás descubramos el problema, o lo haga alguien más ducho que nosotros
Al tratarse de una tarjeta que viene integrada en la placa del ordenador, supongo que tendrá "dos" entradas, (una de micro y otra de línea), y un par de salidas (de auriculares y de altavoz), todas ellas con una conexión para "mini jack" (como las de los auriculares de botón de los reproductores de mp3).
No sé cuantos instrumentos o micrófonos estarán conectados a la mesa de mezclas, pero me imagino que de esta solo saldrá un cable que irá a la entrada de linea de la tarjeta de audio, por lo que en principio creo que el problema no está en la configuración de la mesa ya que al ordenador solo entra sonido por un único canal (por medio de la entrada de linea).
Así que vayamos al Cubase:
En el menú de "Dispositivos" pincha en "Configuración de dispositivos" (abajo del todo). Una vez dentro elige la carpeta "Sistema de audio VST" y asegúrate de que en la casilla "controlador ASIO" está elegido el de tu tarjeta (si no, dime los que te aparecen). Esto era solo para asegurarnos de que tienes elegida tu tarjeta (lo que con toda probabilidad tendrás, ya que si no no tendrías sonido) y el controlador correcto.
Dale a aceptar, y en el mismo menú de "Dispositivos" entra ahora en "Conexiones VST".
Nos centraremos en las dos primeras pestañas: Entradas y Salidas.
En "Entradas" tendrás seguramente estas opciones:
En "nombre de bus"= "Stereo in" del que salen "left" y "right" (si no es así, dímelo y lo creamos).
En "Dispositivo de audio"= el nombre de tu tarjeta de sonido.
En "puerto de dispositivo"= las entradas de tu tarjeta. Si pulsas en lo que te aparezca, verás todas las opciones que tiene tu tarjeta para las entradas (que supongo serán las dos que dije antes), asegúrate de elegir la de línea (o como se llame en dónde está conectado el cable que viene de la mesa de mezclas).
En "salidas" tendrás lo mismo pero indicando las salidas de tu tarjeta (supongo que auriculares y altavoz). Elije la que estés usando.
En principio, todo esto seguramente ya estaba configurado correctamente, así que lo más probable es que no tengas que cambiar nada (pero es para asegurarse).
Ahora abre el proyecto que estabas usando (o uno nuevo si quieres para hacer pruebas).
Añade una pista de audio y asegúrate de que en la entrada de ese canal está elegido "Stereo in" (que es el "Bus" que habíamos configurado antes con los canales de la tarjeta que "nos interesaban") y en la salida "Stereo out".
Ahora graba algo.
Luego, abre otra pista de audio y fíjate en lo mismo de antes (las entradas y salidas).
Activa la grabación en este canal (El circulito con el punto que hay al lado de la "S" de solo) y asegúrate de que la otra pista (la que grabaste antes) no lo tenga activado, y que ambas pistas no tengan ni "S" ni "M" activados.
Pulsa el rec en la barra de transporte.
Si todo va bien debería escucharse la primera pista mientras grabas la segunda, pero sin "colarse" en la grabación de esta última, ya que como canal de entrada a esta pista hemos puesto el "Stereo in" el cual está configurado con la entrada de la tarjeta conectada a la mesa, y no con "lo que se oye" por las salidas.
Pero como ya dije, estoy bastante verde en Cubase, por lo que si no te funciona espera a que alguien con más de experiencia que yo en el programa te ayude.