Ten en cuenta que los efectos van por canal, así que es bastante práctico a veces tener cada tema en un canal diferente (además de para mezclar los volúmenes) para utilizar el efecto que te apetezca y automatizarlo fácilmente. Igual en un tema quieres que acabe con un delay y otro quieres que empiece con un barrido de filtro.
Realmente hay muchas formas de hacerlo, piensa bien en como quieres que se desarrolle la mezcla para hacer la configuración que mejor te vaya a servir.
Gracias por sus comentarios, por cierto la guia que posteo DarwinArmy ya la habia leido, les cuento como tengo este asunto; ahorita cada track esta en un canal separado es decir tengo 12 pistas en 12 canales cada uno con un EQ Tree, pero lo que me hace falta es hacer esos efectos de entre cuando termine una pista y empiece la otra.
Gracias, espero pronto poder mostrar el mix para saber sus opiniones. Saludos