yo alguna vez he tenido algun problema parecido. Esos picos pueden ser, como me pasaba a mi, los resultados de una latencia demasiado baja. Prueba a aumentarla, a ver si se soluciona. Si no vuelve a preguntar. Aunque no caigo en mucho más. O pon un flp de "demo", para ver lo que haces.
INstala un Fruity Spectroman detrás del filtro, y un dB meter. Mira qué está ocurriendo con el sonido.
Por cierto, en el dB meter rojo = malo.