Protools es el programa mas pijo que use en cuanto a importar audio a pistas se refiere. Primero asegurate de tener el mp3option que te puedes bajar del emule o te trae uno de pruebas el propio protools durante un mes.
Si el formato no esta como a protools le gusta o tiene una codificacion un poco rara no te lo va a pillar. Prueba a bajarte el Audio conversion Wizard y combierte primero el archivo a .wav(si vas en windows claro) y luego prueba a volverlo a meter a ver si se soluciona asi.Suerte