si exportando en OMF, para importar el archivo en proTools necesitas un plugin y creo que es de pago. se ha tratado este tema en los foros busca un poquito.
otra opcion es ampliar todas hasta el comienzo salvarlas (si es audio en formato k acepte protools y el midi sin problema) y cargarlas en protools, lo unico que tendras que cargar todos los instrumentos y demas en protools y no se si podras guardar los ajustes en logic en presets para utilizarlos en protools luego, un coñazo vamos.