Yo también creo que hay algo en la configuración que no está bien. En toda mi experiencia al frente del Cubase nunca me ha ocurrido tal cosa. Cuando exportas a audio una mezcla desde el secuenciador (bounce) se crea un archivo de sonido que es igual a lo que estás oyendo por los monitores, si estás perdiendo calidad es porque hay algo que se está haciendo mal. Revisa bien la configuración cuando exportas, escoge la salida adecuada, la resolución que sea mínimo 44KHz/16-bit, en estereo entrelazado y escoge el formato wav bueno ( PCM/Waves no comprimidos ). Aunque suponemos que todo esto ya lo sabes, es conveniente repasarlo porque es que no hay mucho más a la hora de exportar audio.
Alfredo ha mecionado lo del dithering, pero aún así no me parece muy determinante porque yo he hecho muchos bounces sin dither y no he notado una perdida audible de calidad. Con esto no quiero que se malinterpreten mis palabras, pues siempre pongo el UV22 de Apogee al final de la cadena de mastering cuando hay que entregar un master. Bueno, creo que ya se entiende...jejeje!
A parte, si quieres masterizar tu propia música, tendrás que saber muy bien lo que haces y tener un oido muy entrenado. No es aconsejable que tú te hagas tus propios masters, aunque hay muchos que se los hacen ellos mismos para ahorrarse dinero, porque tu oido no será capaz de oir todos los fallos o lo que se pueda mejorar de la mezcla, ya que está sugestionado y acostumbrado al sonido del tema. En caso de que insistas en hacerlo tu mismo, deja reposar almenos un par de días los oidos para que se "olviden" del sonido y al volver a oir la mezcla tendrás una escucha más "neutral" con lo que te será más fácil saber qué hacer.
saludos y suerte!
p.d: desactiva todas las posibles eq's, loudness y plugins que puedan tener el winamp, el windows media, etc... Aunque suponemos que esto también lo sabes