Bueno, pues por si alguien encuentra este hilo, comentar que sí que existe un software como el que yo me había imaginado.
He sido capaz de sacar las notas individuales de un acorde con MELODYNE, que además ofrece 30 días de prueba gratuita
Es un software pensado para corregir voces aunque su algoritmo ha ido evolucionando y tiene un modo polifónico. Precisamente, he pasado el acorde del Hammond original de la canción por ahí y me lo detectaba como 6 notas (en lugar de 3). Detectaba como notas diferentes cada nota del acorde y su cuarta.
Ha sido tan sencillo como exportar las notas que detectaba de dos en dos y he conseguido el resultado que buscaba. Conseguía el sonido de cada nota del acorde por separado. Luego, he repetido el proceso con los distintos acordes de la intro y he conseguido bastantes notas "originales". El resto, las he ido interpolando hasta conseguir todas las notas que se necesitan para la canción. También las he estirado sobreponiendo una nota consigo misma intentando cuadrar los "tempos" de las modulaciones y haciendo "cross-fading" para eliminar el ataque en las prolongaciones. Así me servían para las partes de la canción en que las notas son más largas de las que tenía originalmente.
Os dejo las muestras del primer acorde, por si sentís curiosidad:
https://soundcloud.com/carlos-sanz-4/sets/acorde-hammond
El método tiene un pero: dado que el Hammond tiene una etapa de válvulas que añaden distorsión, en realidad cada nota por separado no sonaría como las notas extraídas, ya que la distorsión es mayor cuando se tocan 3 notas a la vez que cuando se toca solo una... pero teniendo en cuenta para lo que lo quiero (siempre sonarán al menos dos notas juntas, no hay solos en esa pista) da el pego de sobra. Mucho mejor de lo que he podido acercarme con ningún instrumento virtual.
Eso sí... soy incapaz de acercarme al sonido original de la melodía principal

Ahí el Melodyne ya patina porque hay muchos instrumentos y mezcla las notas de unos con otros.
Me temo que tendré que asumir mis limitaciones y disfrutar con un sonido genérico para esas pistas.
Gracias a todos los que habéis respondido.