Velocidad transferencia en particiones

Hola a todos:
llevo varios dias buscando un documento que vi hace tiempo sobre el tema de particionar el disco duro de la mejor manera para audio...Tengo un HD interno de de 80 GB y uno externo de 250. La idea es usar el interno para programas y proyectos de audio, y el externo para (aparte de musica, videos y demas gilipolleces) las librerias y demas.
Entonces mi pregunta es como ordenar las particiones del interno, pongo primero la de sistema no? Y la otra, como secundaria o primaria?Y por ultimo, mejor NTFS que FAT no?La primaria si la voy a hacer FAT32 por aquello de las compatibilidades...
Muchas gracias, un saludo

si vas copiar DVDs necesitas tener NTFS, por los archivos en FAT tienen un límite, las librerias las pondria en otro disco, eso acelerara la lectura de audio al no tener que moverse tanto la cabeza lectora

si, creo que me refiero a lo mismo que dices:
en el disco duro interno, en dos particiones, los programas (en una) y los proyectos (en otra); las librerias en el disco externo, puesto que no se usan tanto, no es asi?
gracias
P.D. Sabeis cómo es mejor aprovechar la mayor velocidad de lectura del disco duro en el exterior?Dejo la segunda particion para programas, o para datos??
Un saludo