Resaltar que no conozco el fantom ...
Bueno a partir de ahí, supongo que lo que hace el fantom, es mandar toda la mezcla estereo por el spdif, por lo que para grabar pistas por separado, deberás ir grabando una por una, y vuelta a empezar.
Por otro lado, dices que el ableton no reconoce el sonido. Bueno, no se muy bien a que te refieres, pero en las conexiones digitales, has de poner un en maestro y otro en esclavo ... para que "se entiendan"