Buenas.
Hola, lo ideal es tener dos particiones y formatear ambas para quitarte de conflictos.
Es MUY IMPORTANTE HACER LA COPIA DE SEGURIDAD, en un disco duro externo antes de instalar y formatear. Recomendable desconectar el disco duro externo hasta finalizar todo el proceso. Llevo casi 20 años con los ordenadores y hace un par de años, sin querer, formatee el disco duro externo al no darme cuenta de que lo tenía conectado y marcado en la instalación. Le puede pasar a cualquiera, por eso es mejor tenerlo desconectado.
Si quieres poner dos discos duros, efectivamente tienes que seleccionar uno como maestro (el principal) y otro como esclavo si son IDE, si son SATA o SATA 2 no es necesario. Esto se hace en IDE cambiando el jumper de posición. Encima del disco duro hay una tabla que te indica en que posición tienes que ponerlo para dejarlo como maestro o esclavo. Seguramente el que tienes ahora mismo está como maestro. Solo tendrías que comprobar el nuevo, que esté como esclavo. Mas info en:
http://marismas-emtt.blogspot.com.es/2008/02/jumpers-en-discos-duros-ata-y-sata.html
Ahora la instalación. Lo ideal es formatear ambas particiones/discos duros para quitarte de conflictos durante el arranque.
Primero inicias windows y usas EaseUS Partition Master Free para crear la segunda partición. Si has añadido otro disco duro, no es necesario.
Metes el Cd de windows e inicias la instalación reiniciando el pc. Cuando te pregunte, marcas que lo instale en el disco duro o partición que usas actualmente. Cuando te pregunte si quieres formatear le dices que si, que haga el formateo rápido. Esto dejara vacío el disco duro o partición e instalara el sistema operativo desde 0. Después el programa de instalación reiniciará y arrancara desde el disco duro para completar la instalación.
Una vez terminada la primera instalación, vuelves a reiniciar el pc con el cd de windows dentro y vuelves a iniciar la instalación. Ahora marcarás el disco duro nuevo o la otra partición. Indicas también que formatee y completas la instalación por completo.
Ahora al arrancar el pc te saldrá la opción de arrancar dos windows. Desde cualquiera de ellos puedes cambiar el nombre de cada windows y el tiempo que tarda en arrancar el que está por defecto. (Googlea un poquito

)
Te puede suceder que al querer marcar el otro sistema operativo en el gestor de arranque, no te mueva nada al pulsar las flechas del teclado. Esto suele pasar con el teclado usb. Se soluciona usando uno ps2 o añadienso al usb un conversor usb-ps2.
Lo que no te puedo decir es como hacer para que no se pueda acceder a los datos de un windows desde el otro, quizás en google encuentres algo, pero ahora mismo no se me ocurre.
Saludos, espero que te sirva de ayuda.