Prueba primero a grabar algo desde la Grabadora de sonido de Windows. Si no graba nada abre el altavocito de al lado del reloj y en el mezclador selecciona la entrada Linea del menu Opciones->Propiedades->Grabacion y mira si al tocar algo con la guitarra enchufada, la entrada correspondiente seleccionada y el volumen subido ves que suban los leds que indican que está entrando señal.
Así las cosas, graba algo con la flamante Grabadora de sonidillos y si tienes éxito ...
De ser así vuelve a Cubase y sin tocar nada, elige la pista en la que quieres grabar y ¡¡¡hala!!!.
Si esto no funciona es probable que el problema sea de la tarjeta de sonido. O del Gobierno. O de la SGAE... ufff ni idea...