Bueno, te comento mi experiencia con los acordes
Yo toco de oido, es más se me da bastante bien lo de tocar de oido porque tengo experiencia, y de armonia, etc. nasti de plasti. Ni idea, aunque di dos años de solfeo cuando era joven e inexperto. Pero no uso esa experiencia, y como he pasado por tu situación puedo ayudarte en algo.
Efectivamente, por lo que yo sé, un acorde son 3 o más notas tocadas a la vez. Además, puedes tocar esas notas sucesivamente, en lugar de simultaneamente con lo cual tendrías un acorde arpegiado, un arpegio.
Si bien es cierto que si tocas solo dos notas no estás tocando un acorde, se puede intuir, como comentaban en otro post. Claro, que la intuición es muy personal. No quiero decir que tocar dos notas para acmpañar una linea melódica sea malo, sino que a veces, la armonia puede malinterpretarse. Recuerdo el caso de una persona con la que hice una colaboración bastante extensa. En la mayoría de los casos él solia hacer unas bases de lo más minimalista, cojonudas por cierto, acompañamientos de una nota, y claro, a la hora de hacer un acopañamiento a guitarra, lo que a mí me sonaba a un acorde mayor, a él le sonaba como uno menor y a la inversa. Yo intentaba acompañar haciendo unas progresiones de acordes que para nada era lo que él tenía en mente. Era curioso, porque él me respondía diciendo "Pero si está clarisimo, como no lo captas?"

El caso opuesto, tuve problemas con un director, el cual quería que tocase al pié de la letra una partitura para guitarra (en la cual el propio autor indicaba que el interprete podía improvisar hasta cierto punto, de hecho) con sus acordes de 13 aumentada y 4 disminuida (algunas veces con digitaciones acrobáticas) y pensaba que si yo tocaba los acordes mayores o menores sin notas adicionales, en determinados momentos, le estaba restando caracter armónico a la obra. Al fín y al cabo, si otros instrumentos estaban interpretando esas notas que yo no haría, seguirian manteniéndose los acordes en su conjunto. Es decir, si tu tocas do mayor septima y yo do mayor, tu y yo a la vez estaremos dando un do mayor 7. Pero a algunos el academicismo les nubla el oido.
Para sacar los acordes que actúan en cada momento fijate en las combinaciones de notas de todas las lineas melódicas de todos los intrumentos. Puedes ver que notas son y con una tabla de acordes ver que acorde conforman. Yo por otro lado, suelo usar la guitarra. Con los acordes más fundamentales (mayores y menores), veo como se ajustan y obtengo la armonización y escribo la partitura. ej.: 2umh, parece que suena como un Sol ---> toco un Sol en la guitarra. Es un Sol? Sí. Acorde detectado. No, pruebo con otros acordes"
Por eso, en el registro te exigiran que indiques el acorde completo, para evitar confusiones. En tal compás tocas tal acorde, que es mayor o menor (con esto yo creo que ya basta, pero si quieres indicar séptimas, etc. mucho mejor) y así todo queda fijado y bien clarito.
Pues eso, a ver si te soluciono algo.
Un saludo