Sí, básicamente es eso.
Es fácil liarse cuando tienes una señal mono saliendo por dos canales estéreo (la salida de la mesa, por ejemplo) pero en realidad es lógico cuando comprendes lo que está pasando.
Si grabas la señal en mono por dos canales en una pista estéreo, tendrás una pista doblada que no necesitas para nada.
Si el sonido de tu guitarra, o lo que sea, es distinto en cada lado del estéreo, debes sacarlo en estéreo de la fuente y llevarlo así hasta el final, grabando también en estéreo.
Supongo que la guitarra sonará perfectamente en mono y por lo tanto te saldrá más a cuenta tener toda la cadena en mono, aunque en la salida de la mesa lo separes, pero la grabación, mejor en mono. Lo que puede suceder es que ese sonido mono (la guitarra, por ejemplo) la proceses con uno o varios efectos estéreo con el procesador, o hasta con un efecto mono distinto para cada lado creando un sonido tratado estéreo, todo dependerá de lo que quieras y lo que te permita hacer tu procesador. En ese caso, deberás sacar la señal del procesador en estéreo y grabarlo así en el secuenciador, ya que de lo contrario se perderían cosas por el camino o no conseguirías el efecto deseado.
Una guitarra con un poco de reverb, la puedes meter en mono en el secuenciador, pero esa misma con un delay paneado deberás grabarla en estéreo.
No se si me explico porque me estoy empezando a hacer la picha un lío