Guardar los proyectos?

hasta ahora los proyectos los guardaba con guuardar como y listo pero me encuentro con el problema que al utilizar el administrador de archivos me dice que estan anidados y no me deja
mi pregunta es como debo guardarlos si alguien tiene la amabilidad de esplicarmelo paso a paso
y como hago para juntar cada oveja con su pareja por que en la carpeta ableton/samples/recorder esta todo mezclado

guardar como archivo contenedor
save as container file... o algo asi

muy interesante

Recopilar todo y guardar. Yo tengo una carpeta en la que guardo los pryectos. La primera vez que lo guardo lo hago con la opcion que digo, y luego ya lo guardo normal.