Poderse se puede y no hay ningún motivo para que se haga diferente de uno fijo, ahora de si es recomendable o no ni idea, así a priori te digo que no veo ningún problema, ya que la estructura és la misma, si tu sacas tu disco duro con un cable largo, lo pones fuera y lo particionas no pasa nada. Además el sistema de archivos es el mismo creo. Supongo que serán NTFS o FAT32, en principio no deberia haber ningún problema en particionar.
Para eso estamos en el foro para ayudar y que nos ayuden, no hay de que.
No creo que haya problema. De hecho es recomendable hacer varias particiones para organización, desfragmentaciones, formateos, etc.
Yo utilizo el Partition Magic desde hace varios años con plena satisfacción.