es extraño, deberia reemplazar de la misma forma todas las veces... cuando intentas por segunda vez aparece un silencio o no hace nada?
Cuando lo hago por segunda vez, no hace nada, te lo hace pero tarda 1 o 2 segundos cuando deberia tardar 2 minutos como antes, osea que no hace nada, lo probe con distintos archivos y nada. Una vez lo consegui volviendo a copiar el archivo de video original y sustituyendo el audio con nuendo y me dejo, por eso sospecho que igual solo te deja hacerlo una vez.
y probaste con el windows movie maker?
El movie maker no lo he usado pero es un programa q viene con windows y no se como andará de calidad... no creo que sea buena