Que utilizas para escribir la música? la escribes a mano? Sibelius? Encore? es que si utilizas un editor de partituras, los acordes ya vienen preparados (como cifrados de guitarra) eliges, y lo escribes donde quieras... y si lo haces a mano, no te preocupes hombre...se trata de tener registrada la melodía sobre todo, porque una secuencia de acordes, no se puede registrar; imagínate que alguien registra Do-Fa-Sol...jejeje, se forraría...Lo importante es que la melodía esté bien, y después le pones un "acompañamiento".
Yo en estos casos, por si te sirve de ayuda, hago lo siguiente:
Cuando hago una canción, utilizo bastante midi, para la creación digamos. Aunque después la mayoría lo exporto a audio, conservo los midis para posteriormente, exportar el midi, abrirlo dentro de un editor de partituras(Encore), y de esa manera, no solo registro la melodía, sino...todo el arreglo.
Además esto me permite, en caso de tener que modificar la tonalidad, la velocidad, etc...tener siempre la idea original a mano.
Espero haber ayudado
Un saludo