¿has cargado en INSTRUMENTOS dos instancias diferentes del plugin?.........
.....y en cada pista añadir un evento midi, que sea el CAMBIO DE PROGRAMA?
yo no soy muy experto pero se supone que si abres dos pistas midi para un solo vst,cada cambio que hagas en el vst,lo reproduciran ambas pistas midi.abre un vst por cada pista midi para poder controlarlos individualmente.