No hace falta tocar el registro (editarlo con regedit) ni desinstalar y reinstalar Cubase para tener una configuración por defecto, los archivos de configuración de cada usuario están en C:\Documents and Settings\\Datos de programa\Steinberg\Cubase SX 3\.
Cierra cualquier instancia de Cubase, renombra ese directorio a p.e. Cubase SX 3.old y vuelve a iniciar Cubase, se autogenerará un nuevo directorio con configuraciones por defecto.
Una vez comprobado que todo está perfectamente puedes guardar o eliminar el directorio Cubase SX 3.old.